Le CDF travaille sans instructions techniques à l'interface entre les autorités nationales et l'Union européenne : pour le domaine de l'agriculture et de la recherche de l'UE (CDF AF), il certifie chaque année à la Commission européenne l'exactitude des fonds européens dépensés dans le cadre de la politique agricole commune (PAC) et dans le domaine de la recherche dans le Bade-Wurtemberg. Un domaine d'activité important à cet égard est le contrôle des opérations de paiement des programmes de soutien de l'UE que sont le Fonds européen agricole de garantie (FEAGA) et le Fonds européen agricole pour le développement rural (FEADER)
L'autorité d'audit des fonds structurels de l'UE (EFK Str) vérifie l'utilisation des fonds européens, notamment dans le domaine des investissements dans l'innovation et le développement technologique et des mesures visant à améliorer l'efficacité énergétique et à protéger l'environnement (Fonds européen de développement régional FEDER), ainsi que la formation professionnelle continue et la création d'emplois dans les petites et moyennes entreprises (Fonds social européen FSE+). Elle confirme à la Commission européenne l'utilisation légale et régulière de ces fonds.